在世界树的阴谋下数码世界出现大量数据断层，大批数码兽不幸化为数码蛋坠向人类世界，对此新世纪的人类创办了驯兽师学院将拥有数码兽的人类训练成驯兽师来以备不时之需。数年后的2099年皇家骑士因世界树的原因发生史上最严重的内斗，阿尔法兽因反抗世界树被设计打入人类世界化作数码蛋!爆发出的能量填补了断层，迎来短暂的“和平”但一切在一片光芒的笼罩下，才刚刚开始……